Módulo 1. Empleo de unix y linux en bioinformática

1.1. Introducción al sistema operativo Linux.

1.1.1. ¿Qué es un sistema operativo?
1.1.2. Los beneficios de usar Linux.

1.2. Entorno Linux e Instalación.

1.2.1. Distribuciones de Linux?
1.2.2. Instalación de Linux usando una memoria USB.
1.2.3. Instalación de Linux utilizando CD-ROM.
1.2.4. Instalación de Linux usando una máquina virtual.

1.3. La línea de comandos.

1.3.1. Introducción.
1.3.2. ¿Qué es una línea de comandos?
1.3.3. Trabajar en el terminal.
1.3.4. El Shell, Bash.

1.4. Navegación básica.

1.4.1. Introducción.
1.4.2. ¿Cómo conocer la localización actual?
1.4.3. Rutas absolutas y relativas.
1.4.4. ¿Cómo movernos en el sistema?

1.5. Manipulación de archivos.

1.5.1. Introducción.
1.5.2. ¿Cómo construimos un directorio?
1.5.3. ¿Cómo movernos a un directorio?
1.5.4. ¿Cómo crear un archivo vacio?
1.5.5. Copiar un archivo y directorio.
1.5.6. Eliminar un archivo y directorio.

1.6. Editor de textos vi.

1.6.1. Introducción.
1.6.2. ¿Cómo grabar y salir?
1.6.3. ¿Cómo navegar por un archivo en el editor de texto vi?
1.6.4. Borrando el contenido.
1.6.5. El comando deshacer.

1.7. Comodines.

1.7.1. Introducción.
1.7.2. ¿Qué son los comodines?
1.7.3. Ejemplos con comodines

1.8. Permisos.

1.8.1. Introducción.
1.8.2. ¿Cómo ver los permisos de un archivo?
1.8.3. ¿Cómo cambiar los permisos?
1.8.4. Configuración de los permisos.
1.8.5. Permisos para directorios.
1.8.6. El usuario “root”.

1.9. Filtros.

1.9.1. Introducción.
1.9.2. Head.
1.9.3. Tail.
1.9.4. Sort.
1.9.5. nl.
1.9.6. wc.
1.9.7. cut.
1.9.8. sed.
1.9.9. uniq.
1.9.10. tac.
1.9.11. Otros filtros.

1.10. Grep y expresiones regulares.

1.10.1. Introducción.
1.10.2. eGrep.
1.10.3. Expresiones regulares.
1.10.4. Algunos ejemplos.

1.11. Pipelines y redirección.

1.11.1. Introducción.
1.11.2. Redirección a un archivo.
1.11.3. Grabar a un archivo.
1.11.4. Redirección desde un archivo.
1.11.5. Redirección STDERR.
1.11.6. Pipelines.

1.12. Manejo de procesos.

1.12.1. Introducción.
1.12.2. Procesos activos.
1.12.3. Cerrar un proceso corrupto.
1.12.4. Trabajos de primer plano y de fondo.

1.13. Bash.

1.13.1. Introducción.
1.13.2. Puntos importantes.
1.13.3. Porqué el ./ ?
1.13.4. Variables.
1.13.5. Las declaraciones.

Módulo 2. Análisis de datos en proyectos de big data: lenguaje de programación R

2.1. Introducción al lenguaje de programación R.

2.1.1. ¿Qué es R?
2.1.2. Instalación de R y el interfaz gráfico de R.
2.1.3. Paquetes.

2.1.3.1. Paquetes estándar.
2.1.3.2. Paquetes aportados y CRAN.

2.2. Características básicas de R.

2.2.1. El entorno R.
2.2.2. Software y documentación relacionados.
2.2.3. R y estadísticas.
2.2.4. R y el sistema de ventanas.
2.2.5. Usando R interactivamente.
2.2.6. Una sesión introductoria.
2.2.7. Obtención de ayuda con funciones y características.
2.2.8. Comandos R, sensibilidad a mayúsculas, etc.
2.2.9. Recuperación y corrección de comandos anteriores.
2.2.10. Ejecutar comandos o desviar la salida a un archivo.
2.2.11. Permanencia de datos y eliminación de objetos.

2.3. Tipos de objetos de R.

2.3.1. Manipulaciones simples; números y vectores.

2.3.1.1. Vectores y asignación.
2.3.1.2. Aritmética de vectores.
2.3.1.3. Generando secuencias regulares.
2.3.1.4. Vectores lógicos.
2.3.1.5. Valores Perdidos.
2.3.1.6. Vectores de caracteres.
2.3.1.7. Vectores de índice.

2.3.1.7.1. Selección y modificación de subconjuntos de un conjunto de datos.

2.3.1.8. Otros tipos de objetos.

2.3.2. Objetos, sus modos y atributos.

2.3.2.1. Atributos intrínsecos: modo y longitud.
2.3.2.2. Cambiar la longitud de un objeto.
2.3.2.3. Obtención y configuración de atributos.
2.3.2.4. La clase de un objeto.

2.3.3. Factores ordenados y desordenados.

2.3.3.1. Un ejemplo específico
2.3.3.2. La función tapply () y matrices desiguales.
2.3.3.3. Factores ordenados.

2.3.4. Matrices.

2.3.4.1. Matrices.
2.3.4.2. Indización de matrices. Subsecciones de una matriz.
2.3.4.3. Matrices de índice.
2.3.4.4. La función array ().
2.3.4.5. Aritmética mixta de vectores y matrices. La regla de reciclaje.
2.3.4.6. El producto exterior de dos matrices.
2.3.4.7. Transposición generalizada de una matriz.
2.3.4.8. Multiplicación de matrices.
2.3.4.9. Valores propios y vectores propios.
2.3.4.10. Descomposición de valores singulares y determinantes.
2.3.4.11. Formando matrices particionadas, cbind () y rbind ().
2.3.4.12. La función de concatenación, c (), con matrices.

2.3.5. Tablas de frecuencia de factores.
2.3.6. Listas.

2.3.6.1. Construyendo y modificando listas.
2.3.6.2. Listas de concatenación.

2.3.7. Dataframes.

2.3.7.1. ¿Cómo crear dataframes?
2.3.7.2. Adjuntar () y separar ().
2.3.7.3. Trabajando con dataframes.

2.4. Lectura y escritura de datos.

2.4.1. La función read.table ().
2.4.2. La función scan ().
2.4.3. Acceso a los conjuntos de datos incorporados.
2.4.4. Cargando datos de otros paquetes R.
2.4.5. Edición de datos.

2.5. Agrupación, bucles y ejecución condicional.

2.5.1. Expresiones agrupadas.
2.5.2. Declaraciones de control.

2.5.2.1. Ejecución condicional: sentencias if.
2.5.2.2. Ejecución repetitiva: para bucles, repetición y tiempo.

2.6. Escribiendo tus propias funciones.

2.6.1. Ejemplos simples.
2.6.2. Definiendo nuevos operadores binarios.
2.6.3. Argumentos con nombre y valores por defecto.
2.6.4. El argumento “...”.
2.6.5. Asignaciones dentro de funciones.

Módulo 3. Análisis estadístico en R

3.1. Distribuciones de probabilidad discretas.
3.2. Distribuciones de probabiidad contínuas.
3.3. Introducción a la inferencia y muestreo (Estimación Puntual).
3.4. Intervalos de confianza.
3.5. Contrastes de hipótesis.
3.6. ANOVA de un factor.
3.7. Bondat de Ajuste (test de chi cuadrado).
3.8. QPaquete fitdist.
3.9. Introducción a estadística multivariante.

Módulo 4. Entorno gráfico en R

4.1. Procedimientos gráficos.

4.1.1. Comandos de trazado de alto nivel.

4.1.1.1. La función plot ().
4.1.1.2. Visualización de datos multivariados.
4.1.1.3. Gráficos de pantalla.
4.1.1.4. Argumentos a funciones de trazado de alto nivel.

4.1.2. Comandos de trazado de bajo nivel.

4.1.2.1. Anotación matemática.
4.1.2.2. Fuentes vectoriales hershey.

4.1.3. Interactuando con gráficos.
4.1.4. Uso de parámetros gráficos.

4.1.4.1. Cambios permanentes: la función par ().
4.1.4.2. Cambios temporales: Argumentos a funciones gráficas.

4.1.5. Lista de parámetros gráficos.

4.1.5.1. Elementos gráficos.
4.1.5.2. Ejes y marcas.
4.1.5.3. Márgenes de la figura.
4.1.5.4. Entorno de figuras múltiples.

4.1.6. Estadística descriptiva: Representaciones gráficas.