El programa de Doctorado consta de dos partes diferenciadas: periodo de formación y periodo de investigación. De este modo, el alumnado deberá cursas el Máster Oficial correspondiente y, una vez superado, solicitar su admisión el periodo de investigación

1. Periodo de formación:

El periodo de formación está constituido por una Máster Oficial de 60 créditos ECTS. En este caso se establecen como preferentes el Máster en Iniciación a la Investigación en Matemáticas y el Máster en Modelización Matemática, Estadística y Computación.

Estos posgrados están dirigidos a licenciados en Matemáticas, Física e Ingenieros que deseen completar su formación ya sea iniciándose en la investigación en Matemáticas o adquiriendo una formación avanzada en Matemática aplicada y Estadística para su incorporación a empresas o centros tecnológicos.

    El Máster en Iniciación a la Investigación en Matemáticas tiene por objeto la formación de investigadores con capacidad para incorporarse a equipos de investigación competitivos.

Consta de 21 asignaturas estructuradas en cinco bloques: álgebra, análisis matemático, estadística e investigación operativa, geometría y topología, y matemática aplicada. Aunque no hay ningún itinerario preestablecido, se recomienda que los alumnos cursen al menos dos bloques completos.

    El Máster en Modelización Matemática, Estadística y Computación tiene carácter profesional. Su objetivo fundamental es formar profesionales con un alto grado de formación científica y técnica, con conocimientos avanzados y experiencia práctica de aplicaciones de las matemáticas y estadística y del uso de la informática en empresas.

Consta de 16 asignaturas optativas orientadas al mundo empresarial o a los centros tecnológicos. El máster tiene el respaldo de un amplio grupo de empresas colaboradoras en las que los alumnos pueden realizar el Trabajo fin de máster.

2. Periodo de Investigación

Una vez adquiridos los conocimientos teóricos necesarios se iniciará el periodo de investigación que consiste en la realización de una tesis doctoral. No obstante, durante dicho periodo se recomienda la participación en congresos y las estancias de investigación en otras universidades. Se recomienda igualmente que el estudiante se inicie en la publicación de artículos con índice de impacto en revistas especializadas de su área de investigación

La duración mínima de este periodo es de 2 años.

Para la elaboración de la tesis doctoral, el Departamento que admite al doctorando le asignará un director de tesis, oído el doctorando. El director de la tesis debe ser doctor y tener vinculación permanente con el Departamento de la Universidad Pública de Navarra. No obstante, el Departamento podrá pedir a la Comisión de Doctorado de la Universidad que autorice la dirección de la tesis por un doctor que no tenga esta vinculación permanente con la Universidad.